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En la colección de malacología del MNCN se conservan ejemplares de las 8 clases conocidas de moluscos: Solenogastros, Caudofoveados, Poliplacóforos, Monoplacóforos, Gasterópodos, Cefalópodos, Bivalvos y Escafópodos.En la colección se guardan unos 100.000 lotes, con ejemplares procedentes de ecosistemas terrestres, marinos y dulceacuícolas, conservados en seco, etanol, y preparaciones microscópicas.