Durch Transkriptomanalysen, also die quantitative Bestimmung aller Transkripte bestimmter Zellen, können Veränderungen in der Genexpression verschiedener Zellpopulationen im zeitlichen Verlauf einer Therapie untersucht werden. Unter der Therapie mit Fingolimod bei Multipler Sklerose kommt es zu einer signifikanten Reduktion der Anzahl zirkulierender T- und B-Lymphozyten. Die CD4+-, CD8+- und CD19+-Zellen zeigten außerdem signifikante Veränderungen des Genexpressionsprofils, insbesondere auch eine differentielle Expression von Genen, welche bei der Regulation von Immunprozessen mitwirken.