No existe una legislación que obligue a las universidades públicas españolas a someter sus cuentas anuales a revisión por auditores ejercientes a nivel privado, pero basándose en la cultura de calidad y transparencia que estas pretenden ofrecer a la sociedad cada vez son más las universidades que por propia voluntariedad lo hacen regularmente. El objetivo de este trabajo es analizar empíricamente cuales son los factores que ejercen una mayor influencia sobre la propensión de los auditores a emitir un determinado tipo de opinión en el informe de auditoría de cuentas anuales de las Universidades Públicas españolas. Los informes de auditoría analizados son un total 105, para los ejercicios comprendidos entre los años 2010 y 2013. Se han diseñado dos modelos logísticos que relacionan la variable dependiente, tipo de opinión, con una serie de variables explicativas, tamaño, tipo de auditor, auditor privado, cambio de auditor, excedente del ejercicio, resultado presupuestario, opinión del ejercicio anterior y retraso del informe. Los resultados evidencian que son estas dos últimas variables, las más influyentes en ambos modelos.