Su interés en las ciencias se remonta a el premio Nobel de Química de 1997, otorgado a Paul D. Boyer, John E. Walker, Jens C. Skou. En particular, John Walker lo obtuvo por su trabajo determinando la estructura de una enzima mitocondrial, la ATP sintasa, Lenin Domínguez cursaba su segundo año en la carrera de Investigación Biomédica Básica en el Instituto de Investigaciones Biomédicas de la Universidad Nacional Autónoma de México. En ese periodo se observó un cambio del énfasis de la investigación científica de lo químico de la bioquímica a un a visión estructural. Para su tesis de Licenciatura, él trabajo con los Doctores Armando y Marietta Tuena de Gómez Puyou caracterizando bioquimicamente la ATP sintasa y su proteína inhibidora endógena. Para su doctorado, realizado en el Instituto de Fisiología Celular, en la UNAM, caracterizando las interacciones finas de la ATP cintas y su proteína inhibidora mediante biofísica y modelado computacional. Durante este periodo publico como autor y coautor 6 artículos científicos. Realizó dos estancias postdoctorales, una en la Facultad de Medicina de la UNAM y otra en la Universidad de California en Davis, USA. En la Facultad de Medicina, trabajo modificando la intercara de la triosafosfato isomerasa de levadura para incrementar su estabilidada. Trabajo bajo la supervisión del Dr. Alejandro Fernandez Velazquez. En la Universidad de California en Davis, trabajo en la determinación de la estructura de proteínas de membrana usando difracción de rayos X y microscopia electrónica. Trabajo bajo la supervisión de los Doctores Henning Stahlberg y James Evans. Ambas estancias tuvieron un énfasis en el uso de herramientas computacionales para la determinación, estudio y rediseño de la estructura de proteínas. Desde su regreso a México, Dr Lenin Domínguez ha dedicado su tiempo a establecer metodologías de predicción de interacciones de proteínas con ligados mediante acoplamiento simulado (docking) y el estudio de la función de proteínas mediante dinámica molecular.
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